Načini rabe prostora imajo poglavitni vpliv na biotsko raznovrstnost. Določena raba prostora v okviru iste dejavnosti lahko podpira ohranjanje in trajnostno rabo sestavin biotske raznovrstnosti, ali pa povzroča resne grožnje. Kmetijstvo generira oboje, tako koristi kot neugodne pritiske na biotsko raznovrstnost, odvisno od načina kmetovanja, biogeografije, pašnih obdobij itd.
Vladno posredovanje s podporo izbranim ukrepom močno vpliva na način kmetovanja. Podpore pogosto vodijo do proizvodnje ustreznih količin hrane in izvajanja novih kmetijskih praks, ki pa odvračajo od trajnostne rabe sestavin biotske raznovrstnosti. Povečanje proizvodnje gre pogosto na račun degradacije naravnega kapitala (rodovitna zemlja, čista voda, naravni in polnaravni ekosistemi). Na drugi strani tradicionalna kmetijska raba pogosto zagotavlja in ohranja pomembne habitate. Tla igrajo pomembno funkcijo v hidrološkem ciklu in čiščenju zraka.
Lokalne skupnosti, ki so odvisne od kmetijstva, morajo biti zainteresirane, da raba zemlje sledi trajnostni praksi. S tem lahko pomembno prispevajo k ohranjanju in trajnostni rabi sestavin biotske raznovrstnosti. Nekatere habitate je možno ohraniti le, če se še naprej izvajajo ustrezne kmetijske dejavnosti. Kjer je kmetijska raba ključni trajnostni element ekosistemov, lahko njeno opuščanje vodi v nepovratno degradacijo različnih habitatov. Čeprav je ozaveščenost med kmeti vse večja, pa praksa »zelenih tehnologij« ne more zaživeti do želene stopnje, če kmetijska in okoljska politika ne dajeta kmetom komplementarnih usmeritev in ne delujeta skupno.
Slovenska kmetijska politika si je za uresničevanje gospodarske, prostorske, ekološke in socialne vloge kmetijstva ter njegovega sonaravnega razvoja postavila za cilje tudi uresničevanje načel varstva okolja in ohranjanja narave ter poseljenosti podeželja. Za dosego teh vključuje omenjena politika ukrepe ohranjanja biotske raznovrstnosti v okviru klasičnih, vendar posodobljenih instrumentov ter pravil varovanja okolja in ohranjanja narave. Instrumenti in pravila se morajo dalje razvijati na podlagi načel trajnostnega razvoja in trajnostne rabe prvin biotske raznovrstnosti, vključno z genskimi viri. Kmetijska politika mora vključevati tudi ukrepe za ohranjanje in povečevanje števila domorodnih domačih živali.
Naravni genski viri so nenadomestljiv izvor materiala za takšno kmetijsko rabo, bodisi za dejavnost žlahtniteljev, bodisi za gospodarsko dejavnost kot je količinska pridelava hrane, ali za pridelavo v spremenjenih okoljskih pogojih, in nenazadnje, tudi za pridelavo v tistih uravnoteženih ekosistemih, ki dopuščajo takšno dejavnost. Zato je zaščita naravnih genskih virov in-situ, torej v naravnih habitatih oz. ekosistemih, eden pomembnejših vidikov kmetijske politike. Za primere, ko takšna oblika varstva genskih virov ni možna, pa le ta vključuje takšne ukrepe ex-situ varstva, ki zagotavljajo ohranjanje naravnih evolucijskih procesov.
Vzdrževanje in uporaba domorodnih pasem domačih živali lahko ob ustreznem sistemu podpor prispeva k ohranjanju poseljenosti težko dostopnih področij v Sloveniji in tako preprečuje zaraščanje kmetijskih površin. Zato je povečevanje števila domorodnih pasem domačih živali eden pomembnejših dejavnikov izvajanja ciljev kmetijske politike, to je ohranjanja tradicionalnih oblik kmetovanja ob hkratnem varovanju okolja in zagotavljanju zdrave hrane.
V zadnjih letih je razvoj nove biotehnologije še zlasti na področju genskega inženiringa pripeljal do uporabe metod, ki omogočajo produkcijo gensko spremenjenih organizmov (GSO) z novimi, drugačnimi in/ali izboljšanimi lastnostmi. Ker GSO niso rezultat naravnega izbora, se pojavljajo pomisleki o njihovi uporabi ter skrbi za možnost potencialno škodljivih vplivov za ohranjanje biotske raznovrstnosti. To velja še zlasti za primere namernega sproščanja GSO v naravo, njegove interakcije z drugimi organizmi in posledično spremembe v strukturi in funkciji določenega ekosistema. Zato se z identifikacijo biološkega tveganja na podlagi ocene vplivov GSO na naravo ter njunih medsebojnih vplivov, zagotavlja varstvo narave in še posebej ekosistemov pred možnimi škodljivimi vplivi GSO.
Zaradi interakcije trajnostnega kmetijstva in razvoja podeželja z ohranjanjem in trajnostno rabo sestavin biotske raznovrstnosti pa morata ohranjanje in trajnostna raba biotske raznovrstnosti upoštevati sledeče pristope: